Keberadaan Cagar Alam Gunung Mutis saat ini baru berdasarkan SK Penunjukan Menteri Pertanian RI Nomor 89/Kpts/II/1983, Tanggal 2 Desember 1983. Sedangkan, berdasarkan hasil studi FAO tahun 1982, kawasan Cagar Alam Gunung Mutis seluas 10.000 Ha direkomendasikan sebagai Suakamargasatwa.
Secara Geografis kawasan Cagar Alam Mutis terletak antara 9'22” sampai dengan 10'02” Lintang Selatan dan 123'42” sampai dengan 124'26“ Bujur Timur dan secara administratif Pemerintahan terletak dalam wilayah Kabupaten Timor Tengah Selatan (dua kecamatan : Kecamatan Mollo Utara dan Kecamatan Fatumnasi) dan Kabupaten Timor Tengah Utara, Kecamatan Miomafo Barat. Luas kawasan cagar alam yang berada dalam wilayah administrasi Pemerintah Kabupaten TTU 2.000.000 Ha, yang dekelilingi oleh beberapa Desa antara lain : Desa Naekake A, Naekake B, Tasinifu, Fatuneno, Noelelo, dan Noepesu (data tahun 2004)
Untuk menjangkau kawasan hutan Mutis dari Kabupaten Kupang dapat ditempuh melalui jalan darat, dengan menggunakan kendaraan umum (bus, truk dan angkutan pedesaan lainnya). Route perjalanan dengan bus, truk dan angkutan pedesaan dapat dilalui melalui melalui jalur jalan negara, jalan Propinsi, jalan Kabupaten, antara lain Kupang – Soe (110 Km) dengan jarak tempuh 2,5 jam, melalui jalan sumbu Kupang – Atambua meliwati Camplong – Takari- Batuputih-Soe. Kemudian dari Soe – Kapan – Fatumnasi (35 km) dengan jarak tempuh kurang lebih 1 jam pada musim kemarau, sedangkan pada musim hujan kadang-kadang jalur jalan ini mengalami longsoran dan terancam putus.
Sedangkan dari wilayah Kabupaten TTU, dapat menempuh jalur jalan yang sama sampai di Niki-Niki–Kefamenanu dan Eban yang dapat ditempuh selama kurang lebih 6 jam.
Flora
- Hutan Ampupu (Eucalyptus urophylla) sebagai habitat fauna di pulau Timor. Hutan Mutis Timau mempunyai keunikan flora yakni jenis Ampupu terluas di Indonesia seluas kurang lebih 20.000 ha. Yang membentang dari pantai hingga pegunungan (600-2400 meter dpl).
- Mutis Timau merupakan sumber pohon cendana dan kayu gaharu yang kini nama karena keberadaannya sudah terancam punah.
- Lebih dari 100 jenis tanaman yang teridentifikasi dan digunakan masyarakat sebagai obat tradisional.
- Terdapat 32 jenis burung sebaran terbatas yang juga merupakan jenis burung yang terdapat di daerah lain
- Dari 32 jenis burung tersebut ada 6 jenis sebagai endemik Timor yang tidak terdapat di tempat lain di Indonesia (urutan kedua setelah Pulau Sumba) yaitu : Buettikoferella bivitatata, Ficedula timorensis, Myzomela vulnerata, Philemon inornatus, Heleia muelleri, Lichmera flavicans
- 3 jenis Kus-Kus (abu-abu, coklat & putih) berada pada ketinggian 800-2200 m dpl. Jenis Kus-Kus yang berwarna putih merupakan khas di kawasan tersebut
- Terdapat jenis Rusa Timor yang mendiami kawasan (Cervus Timorensis)
- Jenis ular besar (Phyton timorensis)
- Mutis Timau merupakan daerah tangkapan air bagi Pulau Timor Barat (Noelmina, Benanain, Noelfail dan Noebesi) yang mampu mengairi persawahan Maubesi di Belu, Bena di TTS dan TTU. Selain persawahan, air dari kawasan ini juga dimanfaatkan oleh pemerintah Kabupaten TTU & TTS sebagai air minum
- Ternak : Tiga Kabupaten (TTS, TTU & Kupang) ternak merupakan leading sektor pembangunan.
- Potensi wisata baik wisata budaya maupun wisata alam. Masyarakat sekitarnya masih memiliki kearifan yang cukup kuat dengan alam.
- Potensi pertanian : jeruk manis (Keprok) yang beredar di pasar Kota Kupang sumbernya dari masyarakat yang ada di kawasan tersebut.